Đặc điểm nổi bật nhất của nông nghiệp Nhật Bản là thiếu đất nông nghiệp. 49.000 km2 (19.000 dặm vuông) đang được canh tác chỉ chiếm 13,2% tổng diện tích đất vào năm 1988. Tuy nhiên, vùng đất này được canh tác mạnh mẽ. Ruộng lúa chiếm phần lớn vùng nông thôn dù trên đồng bằng phù sa, sườn dốc bậc thang hay vùng đất ngập nước và vịnh ven biển. Đất nông nghiệp không trồng lúa chia sẻ ruộng bậc thang và sườn dốc thấp hơn và được trồng lúa mì và lúa mạch vào mùa thu và với khoai lang, rau và gạo khô vào mùa hè. Xen canh khá phổ biến: những cây trồng như vậy được xen kẽ với đậu và đậu Hà Lan.

Nông nghiệp Nhật Bản được coi là một ngành " bị bệnh" bởi vì nó phải đối mặt với nhiều hạn chế, chẳng hạn như sự giảm sút nhanh chóng của đất canh tác và thu nhập nông nghiệp giảm. Vấn đề gạo dư thừa càng trở nên trầm trọng hơn bởi những thay đổi lớn trong chế độ ăn uống của nhiều người Nhật Bản trong những năm 1970 và 1980. Ngay cả một vụ mùa lúa lớn cũng không làm giảm hơn 25% trữ lượng dự trữ. Năm 1990, Nhật Bản tự túc 67% trong các sản phẩm nông nghiệp và cung cấp cho khoảng 30% nhu cầu ngũ cốc và thức ăn gia súc.

Như một nỗ lực để hợp nhất đất nông nghiệp và tăng năng suất, "Tổ chức quản lý trung gian trang trại (nōchi chūkan kanri kikō)", còn được gọi là các ngân hàng đất nông nghiệp, được giới thiệu như một phần của gói cải cách vào năm 2014, bao gồm cải cách của Ủy ban nông nghiệp địa phương. Như Jentzsch lưu ý, "Gói cải cách được cho là hợp thức hóa việc hợp nhất đất nông nghiệp vào tay các trang trại [người cầm phiếu] ninaite, bao gồm cả các tập đoàn.[3]